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Run: ERR161173
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Run ID: ERR161173

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:48:35

Number of reads: 1043215

Percentage reads mapped: 34.19

Strain: lineage4.3.4.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
lineage4.3.4.2.1 Euro-American (LAM) LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.19
ccsA 620485 p.Arg199Cys missense_variant 0.12
ccsA 620603 p.Pro238His missense_variant 0.11
rpoC 764326 c.957G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 764329 c.960C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764341 c.972G>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 0.24
rpoC 764383 c.1014C>G synonymous_variant 0.26
rpoC 764396 c.1027C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.23
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764419 c.1050C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475057 n.1400G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475076 n.1419C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475094 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rpsA 1834256 p.Glu239* stop_gained 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.21
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
eis 2714926 p.Thr136Ser missense_variant 0.91
ribD 2987307 p.Ala157Pro missense_variant 0.15
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
fbiB 3641928 p.Leu132Met missense_variant 0.11
fbiB 3641966 c.433delG frameshift_variant 0.12
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.36
embC 4239842 c.-21C>A upstream_gene_variant 0.36
embC 4241222 p.Gly454Arg missense_variant 0.11
embC 4241436 p.Ala525Asp missense_variant 0.21
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.6
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4243107 p.Arg1082His missense_variant 0.11
ubiA 4269529 p.Ala102Gly missense_variant 0.35
ethA 4327491 c.-18C>A upstream_gene_variant 0.11
ethA 4328372 c.-899C>A upstream_gene_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0