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Run: ERR1679639
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Run ID: ERR1679639

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:55:15

Number of reads: 828001

Percentage reads mapped: 71.44

Strain: lineage4.6.4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.4 Euro-American T;LAM None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gid 4407851 c.351dupG frameshift_variant 0.91 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5077 c.-163_-162insC upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9121 p.Arg607His missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473262 n.1417T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.12
rrl 1474750 n.1093C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476353 n.2696G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476513 n.2856G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476544 n.2887T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476545 n.2888C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476565 n.2908G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476566 n.2909A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476577 n.2920T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476578 n.2921C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476605 n.2948C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476608 n.2951C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476637 n.2980C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155065 c.1047C>A synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289274 c.-33G>A upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289707 c.-466A>G upstream_gene_variant 0.1
eis 2714393 p.Val314Leu missense_variant 1.0
Rv3083 3449148 c.645G>T synonymous_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0