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Run: ERR176739
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Run ID: ERR176739

Sample name:

Date: 24-01-2024 12:25:29

Number of reads: 3065663

Percentage reads mapped: 67.64

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides
Amikacin
Capreomycin
Kanamycin
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 0.98
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473201 n.1356_1357delACinsT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 0.99
PPE35 2168479 p.Thr712Pro missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087564 p.Leu249Val missense_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568779 c.-100T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0