Run ID: ERR1873476
Sample name:
Date: 18-08-2022 16:16:12
Number of reads: 4781977
Percentage reads mapped: 73.57
Strain: lineage2.2.2
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD105/RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7581 | p.Asp94Asn | missense_variant | 0.99 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761110 | p.Asp435Val | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472359 | n.514A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.99 | streptomycin |
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673423 | c.-17G>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288724 | c.517dupG | frameshift_variant | 1.0 | pyrazinamide |
alr | 3841083 | p.Leu113Arg | missense_variant | 1.0 | cycloserine |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethA | 4326333 | p.Ala381Pro | missense_variant | 1.0 | ethionamide |
gid | 4407967 | p.Leu79Ser | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472129 | n.284G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472137 | n.292G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472151 | n.306C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472203 | n.358G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472518 | n.673G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472541 | n.696T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472544 | n.699C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472767 | n.922G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
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rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
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rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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rrl | 1474790 | n.1133C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
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rrl | 1474904 | n.1247G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474913 | n.1256T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476332 | n.2675G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrl | 1476338 | n.2681C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
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rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrl | 1476372 | n.2715T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrl | 1476383 | n.2726T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.59 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
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rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.74 |
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rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476567 | n.2910C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476573 | n.2916A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476577 | n.2920T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476608 | n.2951C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrl | 1476619 | n.2962C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
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rrl | 1476630 | n.2973A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476637 | n.2980C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
ribD | 2987307 | p.Ala157Pro | missense_variant | 0.22 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.16 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242425 | p.Arg855Gly | missense_variant | 0.17 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |