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Run: ERR4815777
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Run ID: ERR4815777

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:03:27

Number of reads: 57898

Percentage reads mapped: 10.57

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.67
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762024 p.Val740Ile missense_variant 0.4
rpoB 762050 c.2244G>A synonymous_variant 0.33
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 0.5
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.5
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.6
rpoB 762080 c.2274G>C synonymous_variant 0.6
rpoB 762085 p.Ala760Glu missense_variant 0.6
rpoB 762089 c.2283G>A synonymous_variant 0.6
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 0.75
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 1.0
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.5
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.75
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.75
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.5
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.75
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.67
rpoB 762855 p.Val1017Ile missense_variant 1.0
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 1.0
rpoC 762863 c.-507T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762871 p.Met1022Thr missense_variant 1.0
rpoB 762878 p.Ile1024Met missense_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 1.0
rpoC 762887 c.-483G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.88
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.83
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.88
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.88
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.88
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.5
rpoC 763729 c.360G>T synonymous_variant 0.43
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.8
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 763744 c.375G>C synonymous_variant 0.64
rpoC 763747 c.378G>A synonymous_variant 0.3
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.9
rpoC 763772 p.Val135Met missense_variant 0.86
rpoC 764548 c.1179G>T synonymous_variant 0.75
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.75
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.75
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.75
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.86
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.86
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.88
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.88
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.92
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.89
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.92
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.92
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.89
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.91
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.27
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 1.0
rpoC 764713 c.1344G>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764731 c.1362G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764737 c.1368G>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473293 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474235 n.578G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474275 n.618T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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