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Run: ERR4816702
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Run ID: ERR4816702

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:34:45

Number of reads: 491390

Percentage reads mapped: 78.04

Strain: lineage4.6.2.2

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.2 Euro-American T;LAM RD726 0.99
lineage4.6.2.2 Euro-American (Cameroon) LAM10-CAM RD726 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761196 p.Leu464Met missense_variant 0.14 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4326026 c.1447delA frameshift_variant 0.12 ethionamide
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6536 p.Thr433Ser missense_variant 0.29
gyrB 6723 p.Arg495Gln missense_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8087 p.Asp262Glu missense_variant 0.17
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9701 c.2400T>G synonymous_variant 0.22
ccsA 620466 c.576C>G synonymous_variant 0.14
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.27
rpoB 759611 c.-196G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.23
rpoB 759976 p.Trp57* stop_gained 0.15
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761168 c.1362C>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761189 c.1383T>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761195 c.1389G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 761822 c.2016C>T synonymous_variant 0.17
rpoB 762858 p.Thr1018Ser missense_variant 0.2
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.27
rpoC 762896 c.-474G>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoB 762905 p.Asp1033Glu missense_variant 0.14
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762926 c.-444C>T upstream_gene_variant 0.11
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762989 c.-381G>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763619 p.Arg84Lys missense_variant 0.2
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.18
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763663 c.294C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 763666 c.297G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.22
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 0.12
rpoC 764428 c.1059G>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764429 c.1060C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764435 c.1066_1068delAGGinsCGC synonymous_variant 0.12
rpoC 764438 p.Leu357Met missense_variant 0.12
rpoC 764446 c.1077T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764470 c.1101C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764614 c.1245G>A synonymous_variant 0.14
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764635 c.1266C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764780 c.1411_1412delAGinsTC synonymous_variant 0.17
rpoC 764803 c.1434C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764812 c.1443C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764813 p.Gln482Glu missense_variant 0.21
rpoC 764824 c.1455T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764838 p.Val490Ala missense_variant 0.25
rpoC 764842 c.1473C>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764843 p.Ala492Ser missense_variant 0.25
rpoC 764848 c.1479G>A synonymous_variant 0.25
rpoC 764854 c.1485G>A synonymous_variant 0.21
rpoC 764858 c.1489T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764869 c.1500C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764875 c.1506C>G synonymous_variant 0.19
rpoC 764887 c.1518G>T synonymous_variant 0.21
rpoC 764888 c.1519T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764896 c.1527C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764902 c.1533C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764911 c.1542A>G synonymous_variant 0.1
rpoC 766734 p.Leu1122Pro missense_variant 0.22
rpoC 766819 c.3450C>T synonymous_variant 0.22
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 778298 c.-692C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800693 c.-116A>T upstream_gene_variant 0.12
rplC 800702 c.-107G>C upstream_gene_variant 0.11
rplC 800703 c.-106_-104delTTGinsCTC upstream_gene_variant 0.12
rplC 800714 c.-95C>T upstream_gene_variant 0.12
rplC 800715 c.-94A>C upstream_gene_variant 0.12
rplC 800720 c.-89T>C upstream_gene_variant 0.12
rplC 800723 c.-86C>G upstream_gene_variant 0.12
rplC 800735 c.-74C>G upstream_gene_variant 0.12
rplC 800738 c.-71T>G upstream_gene_variant 0.12
fbiC 1302797 c.-134C>A upstream_gene_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1471979 n.134T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472027 n.182C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472028 n.183A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472092 n.247C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472120 n.275G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472443 n.598A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472446 n.601T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472466 n.621C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472467 n.622G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472671 n.826G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472923 n.1078G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472934 n.1089C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473001 n.1156G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473009 n.1164T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473201 n.1356A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473283 n.1439_1445delAACCCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473293 n.1448G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473294 n.1449_1450insT non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474183 n.526T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.528G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474201 n.544T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474286 n.629C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474289 n.632C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474292 n.636_651delTCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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