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Run: ERR4816928
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Run ID: ERR4816928

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:42:57

Number of reads: 7329883

Percentage reads mapped: 87.61

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 8668 p.Ala456Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760011 p.Ala69Pro missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474806 n.1149A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474819 n.1162T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
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