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Run: ERR4821372
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Run ID: ERR4821372

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Date: 01-04-2023 17:13:08

Number of reads: 2301822

Percentage reads mapped: 77.34

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8534 c.1233G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303329 c.399C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474253 n.596A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474254 n.597C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474545 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475843 n.2186G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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