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Run: ERR4829337
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Run ID: ERR4829337

Sample name:

Date: 01-04-2023 19:25:33

Number of reads: 2970503

Percentage reads mapped: 98.06

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472682 n.837T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474307 n.650G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169680 c.933A>C synonymous_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0