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Run: ERR6865446
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Run ID: ERR6865446

Sample name:

Date: 02-04-2023 02:54:33

Number of reads: 1490202

Percentage reads mapped: 94.4

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800692 c.-117C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472859 n.1014G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472866 n.1023dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102473 c.570C>T synonymous_variant 1.0
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyX 3068043 c.-98A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 1.0
rpoA 3877548 c.960C>G synonymous_variant 0.97
rpoA 3878601 c.-94C>G upstream_gene_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0