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Run: ERR9811805
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Run ID: ERR9811805

Sample name:

Date: 02-04-2023 13:14:18

Number of reads: 2404790

Percentage reads mapped: 90.24

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761090 p.Ser428Arg missense_variant 1.0 rifampicin
rpoB 761140 p.His445Arg missense_variant 0.97 rifampicin
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9424 p.Asp708Ala missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1460992 c.-53A>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
alr 3840764 c.657G>C synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338502 p.Ala7Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0