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Run: SRR1175173
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Run ID: SRR1175173

Sample name:

Date: 03-04-2023 03:38:47

Number of reads: 1396039

Percentage reads mapped: 47.86

Strain: lineage3.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.97
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 0.83
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 1.0
lineage3.1.2.1 East-African-Indian CAS2 RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2156111 p.Val1Leu missense_variant 0.24 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472129 n.284G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472373 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472374 n.529T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472827 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473139 n.1294T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475575 n.1918C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476411 n.2754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476463 n.2806C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2156119 c.-8G>C upstream_gene_variant 0.76
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 0.98
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.27
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 0.97
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.15
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878304 c.204G>A synonymous_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.21
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
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embA 4245122 c.1890C>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338635 c.-114A>C upstream_gene_variant 0.94
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0