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Run: SRR6045289
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Run ID: SRR6045289

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Date: 04-04-2023 11:56:08

Number of reads: 258084

Percentage reads mapped: 22.25

Strain:

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.37
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9756 p.Ala819Ser missense_variant 0.5
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576221 p.Gly292Arg missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759870 p.Ser22Pro missense_variant 1.0
rpoB 760546 p.Gly247Glu missense_variant 0.29
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 762979 p.Gly1058Asp missense_variant 0.22
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.5
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.5
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.29
rpoC 765883 c.2514C>G synonymous_variant 0.67
rpoC 765886 c.2517C>G synonymous_variant 0.67
rpoC 765892 c.2523T>C synonymous_variant 0.67
rpoC 765910 c.2541G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 765934 c.2565C>T synonymous_variant 0.4
rpoC 766806 p.Gly1146Asp missense_variant 0.25
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778057 p.Ser142Gly missense_variant 0.22
mmpL5 778107 p.Ser125Phe missense_variant 0.33
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781914 p.Ala119Thr missense_variant 0.4
rplC 800901 c.93C>T synonymous_variant 0.29
rplC 800987 p.Arg60Leu missense_variant 0.5
rplC 801021 c.213C>T synonymous_variant 1.0
fbiC 1303129 p.Asp67Asn missense_variant 0.67
fbiC 1303228 p.Asp100Tyr missense_variant 0.33
fbiC 1303334 p.Gly135Asp missense_variant 0.5
Rv1258c 1406359 p.Ile328Leu missense_variant 0.14
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
Rv1258c 1407501 c.-161C>T upstream_gene_variant 0.5
embR 1416669 p.Ala227Thr missense_variant 0.15
embR 1417102 c.246C>A synonymous_variant 0.25
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1471911 n.66C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472329 n.484A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472368 n.523A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472415 n.570T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
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rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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