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Run: SRR6045295
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Run ID: SRR6045295

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:56:31

Number of reads: 1622473

Percentage reads mapped: 78.46

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.19
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474765 n.1108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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