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Run: SRR6982140
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Run ID: SRR6982140

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:28:29

Number of reads: 126701

Percentage reads mapped: 30.46

Strain: lineage2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6065 p.Val276Met missense_variant 0.4
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.5
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.4
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763813 c.444C>A synonymous_variant 0.33
rpoC 765005 p.Pro546Ser missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775824 p.Leu886Arg missense_variant 0.25
mmpL5 775933 p.Tyr850His missense_variant 0.2
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801165 p.Lys119Asn missense_variant 0.33
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1416837 p.Val171Ile missense_variant 0.14
atpE 1461018 c.-26delC upstream_gene_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471878 n.33C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472826 n.981G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473054 n.1209C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473128 n.1283C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473165 n.1320C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473281 n.1436C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473297 n.1452G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1473910 n.253A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474475 n.818A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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