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Run: SRR7645900
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Run ID: SRR7645900

Sample name:

Date: 04-04-2023 19:58:11

Number of reads: 15796739

Percentage reads mapped: 84.18

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6084 p.Gly282Asp missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575378 p.Gly11Arg missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-4A>G upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245825 p.Asp865Asn missense_variant 0.99
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407857 p.Arg116Gly missense_variant 1.0
Rv3083 3448500 c.-3_*1408del transcript_ablation 1.0