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Run: SRR9971246
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Run ID: SRR9971246

Sample name:

Date: 04-04-2023 23:18:38

Number of reads: 3552105

Percentage reads mapped: 92.77

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.99 rifampicin
rrs 1472723 n.878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288782 p.Arg154Gly missense_variant 1.0 pyrazinamide
ald 3087278 c.464delG frameshift_variant 1.0 cycloserine
embA 4243217 c.-16C>G upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326279 c.1192_1194dupGTG conservative_inframe_insertion 0.99 ethionamide
ethA 4326604 c.869dupA frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.22
rpoB 762285 p.Arg827Cys missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781435 c.-125G>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472796 n.951A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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