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Run: ERR176547
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Run ID: ERR176547

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:04:52

Number of reads: 610940

Percentage reads mapped: 15.14

Strain: lineage4.6.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.1 Euro-American (Uganda) T2 RD724 0.97
lineage4.6.1.1 Euro-American T2-Uganda RD724 0.97
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7539 p.Thr80Ala missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777427 p.Thr352Pro missense_variant 0.17
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304896 p.Leu656Val missense_variant 0.25
fbiC 1305029 p.Val700Gly missense_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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