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Run: ERR221608
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Run ID: ERR221608

Sample name:

Date: 31-03-2023 16:18:06

Number of reads: 1489760

Percentage reads mapped: 48.54

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 0.97
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 0.97
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.97
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 0.97
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.95
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 0.94
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763552 c.183C>T synonymous_variant 0.97
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779625 c.-720G>A upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471947 n.102G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474584 n.927C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474609 n.952G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475120 n.1463G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
inhA 1674952 p.Pro251Ala missense_variant 0.35
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102240 p.Arg268His missense_variant 1.0
ndh 2102419 c.624G>A synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 0.97
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168742 p.Gly624Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 0.94
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223329 c.-165G>A upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 0.98
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 0.97
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 0.98
Rv3236c 3612856 c.261C>A synonymous_variant 0.12
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.18
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
clpC1 4040719 c.-15A>G upstream_gene_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 0.97
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.23
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245670 p.Ala813Gly missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 0.96
embB 4246979 p.Gly156Cys missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 0.97
aftB 4267960 p.Val293Met missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 0.97
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 0.97
ethA 4326148 c.1326G>T synonymous_variant 1.0
ethA 4326439 p.Asn345Lys missense_variant 0.97
whiB6 4338203 p.Arg107Cys missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407848 p.Ala119Thr missense_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0
gid 4408218 c.-16G>C upstream_gene_variant 0.32