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Run: ERR4817294
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Run ID: ERR4817294

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:54:47

Number of reads: 1446579

Percentage reads mapped: 76.16

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761069 c.1263C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763696 c.327T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.19
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763724 p.Asp119Asn missense_variant 0.15
rpoC 763729 c.360G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 763735 c.366G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.17
rpoC 764215 c.846A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764263 c.894G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777320 c.1161C>G synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.12
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474579 n.922A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475772 n.2115A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475794 n.2137A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475991 n.2334T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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