Run ID: ERR7801321
Sample name:
Date: 02-04-2023 06:25:03
Number of reads: 3518989
Percentage reads mapped: 89.84
Strain: lineage4.3.4.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 0.98 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 0.98 |
lineage4.3.4.2 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM4;LAM11 | RD174 | 0.98 |
lineage4.3.4.2.1 | Euro-American (LAM) | LAM11 | RD174 | 0.98 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6140 | p.Val301Leu | missense_variant | 0.97 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 0.98 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 0.98 |
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rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2155844 | p.Trp90Arg | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 0.99 |
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