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Run: SRR13180363
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Run ID: SRR13180363

Sample name:

Date: 03-04-2023 08:20:00

Number of reads: 966782

Percentage reads mapped: 91.34

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762959 c.-411G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763013 c.-357C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763031 c.-339T>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763034 c.-336C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763040 c.-330C>G upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763049 c.-321G>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 763067 c.-303C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763074 p.Thr1090Val missense_variant 0.16
rpoC 763082 c.-288C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763085 c.-285C>A upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763100 c.-270G>A upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472023 n.178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472028 n.183A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472030 n.185G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472031 n.186G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472032 n.187G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472033 n.188A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472040 n.195T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472041 n.196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472042 n.197T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472057 n.212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472068 n.223T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472414 n.569C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472449 n.604C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472463 n.618G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472599 n.754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473282 n.1437C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473770 n.113T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473806 n.149C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474289 n.633_644delTTTTCCTCTCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474305 n.648G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1475481 n.1824C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475482 n.1825A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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