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Run: SRR4037619
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Run ID: SRR4037619

Sample name:

Date: 04-04-2023 07:32:57

Number of reads: 1892701

Percentage reads mapped: 55.9

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472669 n.824_825insTGG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473899 n.242A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474528 n.871T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474530 n.873G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474539 n.882C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474816 n.1159G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474910 n.1253C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475144 n.1487G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475145 n.1488C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475163 n.1506T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169320 p.Leu431Phe missense_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.22
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339273 c.156T>G synonymous_variant 0.17
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.18
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0