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Run: SRR6046463
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Run ID: SRR6046463

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:17:25

Number of reads: 1811255

Percentage reads mapped: 68.26

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.32
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.4
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472430 n.585C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472460 n.615_616insTCGGG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472463 n.619_623delAGCGT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472506 n.661A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472974 n.1130delT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473009 n.1165delC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473293 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474201 n.544T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474208 n.551C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474213 n.556G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474228 n.571T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474263 n.606G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474797 n.1140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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