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Run: SRR6982090
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Run ID: SRR6982090

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:26:57

Number of reads: 473668

Percentage reads mapped: 85.74

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761161 p.Leu452Pro missense_variant 1.0 rifampicin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491029 p.Pro83Ser missense_variant 0.11
mshA 576488 p.Val381Leu missense_variant 0.12
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.29
rpoC 767240 p.Gln1291Lys missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 777493 p.Pro330Ser missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
atpE 1461207 p.Ile55Val missense_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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