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Run: SRR6982198
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Run ID: SRR6982198

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:30:16

Number of reads: 284073

Percentage reads mapped: 76.7

Strain: lineage1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.91
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
fabG1 1673432 c.-8T>A upstream_gene_variant 0.85 isoniazid
inhA 1674782 p.Ile194Thr missense_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
embB 4247473 p.Phe320Leu missense_variant 0.18 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 0.87
gyrB 5536 c.297G>A synonymous_variant 0.18
gyrB 5795 p.Asp186Tyr missense_variant 0.15
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6125 p.Gly296Trp missense_variant 0.25
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7872 p.Pro191Thr missense_variant 0.12
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.71
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491060 p.Met93Thr missense_variant 0.78
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575528 p.Gly61Ser missense_variant 0.13
mshA 576023 p.Ser226Pro missense_variant 0.12
ccsA 620659 p.Arg257Cys missense_variant 0.8
rpoB 761207 c.1401C>A synonymous_variant 0.13
rpoB 761253 p.Pro483Thr missense_variant 0.14
rpoB 761315 c.1512delG frameshift_variant 0.2
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763273 p.Leu1156Gln missense_variant 0.15
rpoC 763643 p.Met92Leu missense_variant 0.25
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 0.64
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 0.64
rpoC 765545 p.Arg726Ser missense_variant 0.29
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775745 p.Met912Ile missense_variant 0.22
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776627 c.1854C>T synonymous_variant 0.18
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800629 c.-180T>C upstream_gene_variant 0.11
rplC 800899 p.Ala31Thr missense_variant 0.87
rplC 801165 p.Lys119Asn missense_variant 0.13
rplC 801352 p.Val182Met missense_variant 0.13
fbiC 1302867 c.-64T>A upstream_gene_variant 0.18
fbiC 1305246 p.Leu772Phe missense_variant 0.14
fbiC 1305326 p.Met799Thr missense_variant 0.33
Rv1258c 1406387 c.954C>T synonymous_variant 0.29
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.94
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471842 n.-4T>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471948 n.103A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472609 n.764G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472845 n.1000G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472847 n.1002G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472859 n.1014_1015insA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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