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Run: SRR7755643
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Run ID: SRR7755643

Sample name:

Date: 04-04-2023 20:12:51

Number of reads: 4611644

Percentage reads mapped: 74.98

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715344 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247402 p.Ser297Ala missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491247 c.465C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 619969 p.Val27Ile missense_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288964 p.Val93Gly missense_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087719 c.901delA frameshift_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326632 p.His281Pro missense_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0