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Run: ERR212082
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Run ID: ERR212082

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:46:39

Number of reads: 1475660

Percentage reads mapped: 56.16

Strain: lineage4.9.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
lineage4.9.1 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8978 c.1677C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.29
mshA 575926 c.579A>C synonymous_variant 0.19
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.32
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473194 n.1349A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474516 n.859C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474530 n.873G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474539 n.882C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474552 n.895C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474562 n.905G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474565 n.908T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474570 n.913G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474571 n.914G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474578 n.921A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474584 n.927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474586 n.929T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476625 n.2968C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103146 c.-104G>A upstream_gene_variant 0.13
Rv1979c 2223145 p.Arg7Lys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289138 p.Leu35Arg missense_variant 0.97
pncA 2289448 c.-207G>A upstream_gene_variant 1.0
ribD 2987307 p.Ala157Pro missense_variant 0.18
Rv2752c 3067191 c.-1000G>A upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339385 p.Asp90Asn missense_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.36
embC 4239842 c.-21C>A upstream_gene_variant 0.19
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0