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Run: ERR2510804

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Run ID: ERR2510804

Sample name:

Date: 31-03-2023 18:56:44

Number of reads: 1424704

Percentage reads mapped: 84.14

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.26
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 763660 c.291T>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763663 c.294C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473290 n.1445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474629 n.972G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476704 n.3053delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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