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Run: ERR2851359
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Run ID: ERR2851359

Sample name:

Date: 31-03-2023 23:52:43

Number of reads: 9040

Percentage reads mapped: 4.9

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 764405 c.1036_1038delAGGinsCGC synonymous_variant 1.0
rpoC 764410 c.1041G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764434 c.1065A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764435 c.1066A>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764441 p.Ile358Leu missense_variant 1.0
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764545 c.1176C>G synonymous_variant 1.0
rplC 800693 c.-116A>G upstream_gene_variant 0.67
rplC 800703 c.-106T>C upstream_gene_variant 0.67
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472114 n.269A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472181 n.336G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472861 n.1016G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472862 n.1019_1022delCCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472868 n.1023T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472869 n.1024_1025insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472872 n.1027G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472874 n.1030delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472877 n.1032T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474363 n.706A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474365 n.708G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474384 n.727C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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