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Run: ERR4815171
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Run ID: ERR4815171

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:42:58

Number of reads: 1811667

Percentage reads mapped: 70.74

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9047 c.1746C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9443 c.2142G>A synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575664 p.Gly106Ala missense_variant 1.0
mshA 576000 p.Asp218Ala missense_variant 1.0
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762879 p.Met1025Leu missense_variant 0.12
rpoC 762902 c.-468C>T upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762917 c.-453C>T upstream_gene_variant 0.26
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.26
rpoC 762929 c.-441G>T upstream_gene_variant 0.25
rpoC 762944 c.-426C>T upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.2
rpoC 762983 c.-387C>T upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.13
rpsL 781802 c.243G>C synonymous_variant 0.13
rpsL 781811 c.252C>T synonymous_variant 0.16
rpsL 781814 c.255C>T synonymous_variant 0.16
rpsL 781817 c.258G>T synonymous_variant 0.16
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472673 n.828T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472675 n.830T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472685 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474171 n.514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475880 n.2223C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475882 n.2225C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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