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Run: ERR4815517

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Run ID: ERR4815517

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:54:39

Number of reads: 2696362

Percentage reads mapped: 76.17

Strain: lineage1.2.2.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.2 Indo-Oceanic EAI1 RD239 1.0
lineage1.2.2.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5075 c.-165C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7268 c.-34C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 8668 p.Ala456Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472083 n.238G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472096 n.251T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472100 n.255T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472118 n.273A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472151 n.306C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472188 n.343A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472208 n.363A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472244 n.399C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472524 n.679G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472707 n.862A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473017 n.1172A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473049 n.1204T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473201 n.1356A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473263 n.1418A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473282 n.1438_1440delTAA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473310 n.1465T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474199 n.542G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474273 n.616A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474290 n.633T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474444 n.787G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474468 n.811G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474479 n.822A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474555 n.898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474558 n.901G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474581 n.924C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474732 n.1075A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474752 n.1096delA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474766 n.1109A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474785 n.1128T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
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rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
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rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475115 n.1458A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475532 n.1875A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475544 n.1887A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475551 n.1894T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475572 n.1915T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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