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Run: ERR4820503
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Run ID: ERR4820503

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:43:07

Number of reads: 2176092

Percentage reads mapped: 87.02

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 762273 p.Ala823Ser missense_variant 0.12
rpoB 762284 c.2478G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762293 c.2487T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762920 c.-450C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762923 c.-447C>G upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>A synonymous_variant 0.13
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763606 c.237C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.16
rpoC 763630 c.261G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763633 c.264T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763672 c.303C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763723 c.354G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763732 c.363C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763751 p.Ile128Val missense_variant 0.11
rpoC 764470 c.1101C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764498 p.Ser377Ala missense_variant 0.16
rpoC 764503 c.1134G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 764507 p.Ala380Ser missense_variant 0.19
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764524 c.1155C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764536 c.1167G>T synonymous_variant 0.26
rpoC 764539 c.1170C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.27
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.21
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781796 p.Met79Ile missense_variant 0.14
rpsL 781805 c.246G>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781811 c.252C>A synonymous_variant 0.15
rpsL 781817 c.258G>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781820 c.261G>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781829 c.270G>C synonymous_variant 0.15
rpsL 781832 c.273T>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781835 c.276T>C synonymous_variant 0.14
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.98
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472120 n.275G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472223 n.378C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472228 n.383G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472506 n.661A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472572 n.727T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472660 n.815T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472686 n.841G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473832 n.175C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473871 n.214T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473876 n.219G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1473884 n.227C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473887 n.230T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473888 n.231T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473889 n.232G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473898 n.241C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473899 n.242A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474135 n.478G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474141 n.484G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474142 n.485C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474155 n.498G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474171 n.514C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474295 n.638C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474297 n.640_651delCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474359 n.702C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474496 n.839C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474520 n.863A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1474633 n.977_981delTCACC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474640 n.983_984insTTTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475229 n.1572A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rpsA 1834000 c.459G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834012 c.471G>C synonymous_variant 0.11
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