TB-Profiler result

Run: ERR4821222
Summary

Run ID: ERR4821222

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:08:03

Number of reads: 3472663

Percentage reads mapped: 88.62

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.11
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.1
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoB 763077 p.Val1091Ile missense_variant 0.14
rpoC 763103 c.-267G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763708 c.339G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472418 n.573T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473335 n.1490G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.22
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474288 n.631C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474293 n.637_650delCCTCTCCGGAGGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474326 n.669T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474722 n.1065T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.18
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.18
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.16
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.16
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.15
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.15
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474077 p.Lys24Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4241830 p.Lys656Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407850 p.Arg118Pro missense_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0
gid 4408334 c.-132G>A upstream_gene_variant 1.0