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Run: ERR6397161
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Run ID: ERR6397161

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Date: 02-04-2023 02:45:14

Number of reads: 4588778

Percentage reads mapped: 79.21

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gid 4408087 c.115delC frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.2
mshA 576482 p.Val379Leu missense_variant 0.17
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475672 n.2015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.22
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.22
PPE35 2170065 p.Ala183Gly missense_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860159 p.Ala87Gly missense_variant 0.16
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.32
fbiD 3339741 c.624G>T synonymous_variant 0.18
fbiD 3339744 c.627A>C synonymous_variant 0.15
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.99
fprA 3475200 c.1194T>C synonymous_variant 1.0
rpoA 3878567 c.-60C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoA 3878587 c.-80T>G upstream_gene_variant 0.2
rpoA 3878599 c.-92C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoA 3878639 c.-132C>G upstream_gene_variant 0.21
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.22
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 0.24
embB 4246555 c.42G>C synonymous_variant 0.29
embB 4246556 p.Ala15Pro missense_variant 0.29
embB 4246563 p.Leu17Trp missense_variant 0.37
embB 4246567 c.54G>T synonymous_variant 0.34
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0