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Run ID: ERR9786258

Sample name:

Date: 02-04-2023 12:15:31

Number of reads: 1189329

Percentage reads mapped: 75.62

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8715 p.Pro472Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.97
rpoB 759608 c.-199C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473122 n.1277T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473124 n.1279A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476621 n.2964C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476624 n.2967T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476637 n.2980C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726323 p.Pro44Arg missense_variant 1.0
pepQ 2859830 p.Gly197Arg missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087518 c.699C>T synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448598 p.Ile32Thr missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 0.98
Rv3236c 3612768 p.Ala117Pro missense_variant 1.0
alr 3841006 p.Asp139His missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4327297 p.Met59Ile missense_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0