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Run: SRR11294512
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Run ID: SRR11294512

Sample name:

Date: 02-04-2023 20:44:59

Number of reads: 483338

Percentage reads mapped: 49.12

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.22
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.22
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.29
Rv1258c 1406666 c.675G>A synonymous_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476229 n.2572C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
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rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476657 n.3000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2155894 p.Val73Ala missense_variant 0.95
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168255 c.2358G>A synonymous_variant 1.0
PPE35 2168319 p.Thr765Ile missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
PPE35 2169905 c.708T>C synonymous_variant 0.2
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.14
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.15
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
kasA 2519331 p.Gly406Asp missense_variant 0.12
eis 2715125 p.Thr70Ala missense_variant 1.0
ahpC 2726319 p.His43Tyr missense_variant 0.14
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.36
ahpC 2726350 p.Trp53Leu missense_variant 0.2
pepQ 2859549 c.870C>T synonymous_variant 0.18
Rv2752c 3065305 p.Ala296Val missense_variant 0.14
Rv2752c 3067165 c.-974C>A upstream_gene_variant 0.12
thyX 3067651 p.Phe99Leu missense_variant 0.11
thyX 3067946 c.-1C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
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