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Run: SRR11972283
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Run ID: SRR11972283

Sample name:

Date: 03-04-2023 05:35:52

Number of reads: 1703926

Percentage reads mapped: 94.99

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289252 c.-11A>G upstream_gene_variant 1.0 pyrazinamide
thyX 3067961 c.-16C>T upstream_gene_variant 1.0 para-aminosalicylic_acid
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763501 p.Asp44Glu missense_variant 1.0
rpoC 765462 p.Asn698Ser missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474946 n.1289C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.44
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.42
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289741 c.-501dupG upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.23
thyA 3074336 p.Thr46Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449738 p.His412Arg missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
fbiA 3640393 c.-150A>C upstream_gene_variant 0.15
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0