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Run: SRR18002901
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Run ID: SRR18002901

Sample name:

Date: 03-04-2023 19:08:53

Number of reads: 5096148

Percentage reads mapped: 95.12

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288826 p.Val139Ala missense_variant 0.29 pyrazinamide
pncA 2289213 p.Gln10Pro missense_variant 0.53 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.39
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764363 p.Gly332Ser missense_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473808 n.151A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474181 n.524_525insT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474184 n.527C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474425 n.768A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474428 n.771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474641 n.984G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
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rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
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