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Run: SRR19304057
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Run ID: SRR19304057

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:22:04

Number of reads: 2322608

Percentage reads mapped: 88.6

Strain: lineage4.4.1.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.2 Euro-American T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.19
ccsA 619742 c.-149G>A upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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