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Run: SRR22175227
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Run ID: SRR22175227

Sample name:

Date: 04-04-2023 04:01:55

Number of reads: 352777

Percentage reads mapped: 15.04

Strain: lineage3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 0.92 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761109 p.Asp435Tyr missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472362 n.517C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288714 c.527dupG frameshift_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4248003 p.Gln497Pro missense_variant 0.5 ethambutol
ethA 4326231 c.1242delT frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.9
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.86
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304905 p.Ala659Thr missense_variant 0.29
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473108 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473124 n.1279A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475246 n.1589C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475687 n.2030C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475751 n.2094C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475756 n.2100_2101insGGGGCA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475761 n.2106_2113delCAAGGGTG non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475782 n.2125T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476181 n.2524A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476214 n.2557G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
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rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
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rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rpsA 1833978 p.Gly146Ala missense_variant 0.18
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