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Run: SRR6397642
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Run ID: SRR6397642

Sample name:

Date: 04-04-2023 14:06:35

Number of reads: 305036

Percentage reads mapped: 4.29

Strain:

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 0.94
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761134 c.1329_1331dupGAC disruptive_inframe_insertion 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7158 c.1931_1933delCCG disruptive_inframe_deletion 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764710 p.Met447Ile missense_variant 0.25
rpoC 767128 p.Ile1253Met missense_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpS5 779625 c.-720G>A upstream_gene_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416825 p.Thr175Ala missense_variant 0.33
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472101 n.256G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472262 n.417C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472269 n.424G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472277 n.432C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474477 n.820C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474497 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474508 n.851C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474557 n.900G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474806 n.1149A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474824 n.1167A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474895 n.1238C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474928 n.1271C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475754 n.2097G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1475774 n.2117C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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