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Run: SRR6824550
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Run ID: SRR6824550

Sample name:

Date: 04-04-2023 16:45:25

Number of reads: 4191330

Percentage reads mapped: 56.84

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9788 p.Asp829Glu missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303740 c.810C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276_1277insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
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rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168891 c.1722A>C synonymous_variant 0.75
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 0.99
Rv1979c 2221722 c.1443C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339073 c.-45G>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473946 c.-60_-53delGCGGCCCA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641734 p.Pro67Leu missense_variant 1.0
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
clpC1 4038561 p.Asp715Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0