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Run: SRR6982363
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Run ID: SRR6982363

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:35:16

Number of reads: 313155

Percentage reads mapped: 68.07

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 763155 c.3350delT frameshift_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777023 c.1458G>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801067 p.Asp87Tyr missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
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rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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tlyA 1918215 c.276G>C synonymous_variant 0.1
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katG 2156379 c.-268A>G upstream_gene_variant 0.2
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
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gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0