TB-Profiler result

Run: SRR7131030
Summary

Run ID: SRR7131030

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:42:27

Number of reads: 1840236

Percentage reads mapped: 100.0

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762011 c.2205G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762236 c.2430G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.1
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762248 c.2442G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.97
rpoC 766371 p.Gln1001Arg missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778356 p.Thr42Ile missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473122 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474272 n.615C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475573 n.1916G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168001 p.Leu871Gln missense_variant 0.12
PPE35 2168979 p.Pro545Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
eis 2715552 c.-220A>G upstream_gene_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4241247 p.Arg462Gln missense_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0