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Run: ERR190332
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Run ID: ERR190332

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:29:19

Number of reads: 2518328

Percentage reads mapped: 52.67

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 0.99
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473093 n.1248C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474768 n.1111C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476621 n.2964C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476624 n.2967T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476637 n.2980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168428 c.2184dupG frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.21
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 0.98
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
fbiB 3640614 c.-921C>T upstream_gene_variant 0.98
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.3
embC 4239842 c.-21C>A upstream_gene_variant 0.27
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.22
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245329 c.2097A>G synonymous_variant 1.0
aftB 4269411 c.-575T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.99