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Run: ERR3324331
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Run ID: ERR3324331

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Date: 01-04-2023 01:49:41

Number of reads: 578494

Percentage reads mapped: 44.16

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Tyr missense_variant 1.0 rifampicin
inhA 1674048 c.-154G>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2154110 c.2001delC frameshift_variant 0.11 isoniazid
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326775 c.698delT frameshift_variant 0.2 ethionamide
gid 4408087 c.115delC frameshift_variant 1.0 streptomycin
pncA 2282929 c.-70_*5751del transcript_ablation 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7083 p.Glu615Gly missense_variant 0.22
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7816 p.Asn172Ser missense_variant 0.25
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490999 p.Ser73Thr missense_variant 0.29
fgd1 491094 c.312C>T synonymous_variant 0.12
mshA 576236 c.890delT frameshift_variant 0.12
ccsA 620049 c.159G>A synonymous_variant 0.18
rpoB 760207 c.410_412dupACA disruptive_inframe_insertion 0.12
rpoB 761325 p.Glu507Lys missense_variant 0.11
rpoB 762274 p.Ala823Asp missense_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 767110 c.3741T>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776073 p.Val803Asp missense_variant 0.14
mmpL5 778153 p.Asp110His missense_variant 0.11
mmpL5 778636 c.-156C>A upstream_gene_variant 0.16
mmpS5 779671 c.-766A>T upstream_gene_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801301 p.Arg165Gly missense_variant 0.15
rplC 801355 p.His183Asn missense_variant 0.12
fbiC 1305039 c.2109G>A synonymous_variant 0.2
fbiC 1305469 p.Arg847Cys missense_variant 0.17
Rv1258c 1406364 p.Gly326Val missense_variant 0.4
Rv1258c 1406766 p.Gln192Pro missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474275 n.618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474276 n.619C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474277 n.620C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
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rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
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rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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