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Run: ERR4769424
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Run ID: ERR4769424

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:40:00

Number of reads: 48995

Percentage reads mapped: 1.46

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472412 n.567A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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