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Run: ERR4769549
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Run ID: ERR4769549

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:44:10

Number of reads: 14689

Percentage reads mapped: 0.64

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472953 n.1109_1112delTCTC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114_1115insTTTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.99
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