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Run: SRR5007163
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Run ID: SRR5007163

Sample name:

Date: 04-04-2023 07:51:12

Number of reads: 545639

Percentage reads mapped: 16.71

Strain: lineage4;lineage3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.77
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.4 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490705 c.-78_-77insG upstream_gene_variant 0.25
fgd1 491640 c.858G>A synonymous_variant 0.12
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576623 p.Ala426Thr missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.67
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 760030 c.227delC frameshift_variant 0.29
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.5
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.4
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.4
rpoB 761963 c.2157G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761974 p.His723Leu missense_variant 1.0
rpoB 761990 c.2184G>C synonymous_variant 0.75
rpoB 761997 p.Leu731Ile missense_variant 0.75
rpoB 762003 p.Asn733Gln missense_variant 0.75
rpoB 762009 p.Leu735Val missense_variant 0.75
rpoB 762016 p.Glu737Ala missense_variant 0.6
rpoB 762024 p.Val740Met missense_variant 0.5
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.43
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.43
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.5
rpoB 762083 c.2277T>C synonymous_variant 0.43
rpoB 762086 c.2280G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762899 c.-471G>C upstream_gene_variant 0.18
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.36
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.55
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.36
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.38
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.88
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764617 c.1248C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764620 c.1251G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.29
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.2
rpoC 764644 c.1275G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.18
rpoC 764651 c.1282_1284delTCGinsAGC synonymous_variant 0.18
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764683 c.1314G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 766972 c.3603G>A synonymous_variant 0.2
rpoC 766983 p.Pro1205Gln missense_variant 0.25
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 779482 p.Asp165Asn missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304352 c.1422A>G synonymous_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472197 n.352A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472380 n.535G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472955 n.1110delC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472958 n.1113_1114insC non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472987 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472989 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475552 n.1895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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